中心实行校、院两级管理的主任负责制。中心主任由学校实验教学中心聘任，全面主持中心的实验教学和实验室建设工作。实验室技师亦由学校实验教学中心聘任，负责中心日常事务管理工作。

在学校实验教学中心制定完善的实验室管理制度的同时，中心根据具体情况制定了一系列实验教学管理制度和措施，保证了中心联合开放、高效共享的运行机制。7个实验室实行完全开放式管理。

在实验教学管理体制上，中心承担着版画系专业选修课和全校通选课的教学任务。实验课教学实行主讲教师负责制，由学生自主选择，并通过开放式实验教学，充分调动学生学习与创作版画的积极性和主动性。

中心统一规划“四大层次”课程体系的教学内容，统一购置、调配和使用教学仪器，统一核算教学经费开支，统一调配师资和实验用房，做到合理使用。